Ouh là, alors je n'ai jamais fait d'installation de linux en ayant débranché mes disques auparavant...
Bref, c'est clair que c'est pas bon d'avoir plusieurs grub.conf sur deux distributions, surtout que ton système ne sera pas quel fichier lire en premier!
Bref, on peut essayer avec celui de fedora qui est en maitre.
On va supposer que tes disques sont en IDE, donc hda,hdb.
Pour Fedora core, tu touches pas ton grub.conf et tu ajoutes l'entrée d'ubuntu:
title Linux
root (hd1,0)
kernel /vmlinuz-2.6.** ro root=/dev/hdb1
initrd /initrd-2.6.***.img
à remplacer par ton noyau exact bien sûr.
Ultimate boot est un CD bootable de 100Mo sur lequel se trouve tous les outils de restauration linux (d'une grande aide)
Si ça marche pas, le mien serait si tu as la possibilité de télécharger ultimate boot ou une Knoppix et de booter dessus puis de refaire une installation de grub, si ça coince vraiment trop.