En général, je copie, duplique de temps à autres. Mais maintenant que Koshie a évoqué le sujet, je suis allé revoir des vieux trucs comme rsync. Ca peut compresser, à la volée.
Par le passé, il y avait amanda. Je ne sais pas s'il existe depuis d'autres choses:
http://www.linux-france.org/article/sys/amanda/
Sinon, pour certains trucs, comme des docs, j'envisage plutôt de passer à subversion, qui conserve aussi des révisions.
