Avi est un conteneur qui peut contenir des informations codées avec le codec MP4....

Que veux-tu faire exactement ?

et MP4 n'est pas franchement un codec mais une norme désignant plusieurs codecs. Mais mp4 est aussi un conteneur: pas simple, pas simple.

Quel est le codec de départ, du xvid? Du veux un fichier .mp4 au final avec quel codec dedans, h264?
Ou alors tu n'as que faire de ces histoires de codec du moment que tu passes d'un fichier .avi en un fichier .mp4?

Bon, pour répondre quand même à ta question, utilise avidemux (présent dans les dépots: yum install avidemux), qui pourra faire tout ce que tu veux.
Si tu préfères la ligne de commande, utilise ffmpeg.