En théorie, la mise à yum par yum est faisable, mais elle est particulièrement risquée (et je ne la tenterait pas sur un serveur en production).
Il est généralement conseillé de faire les mises à niveau d'une seule version à la fois (FC1->FC2 puis FC2->FC3) à partir des CD d'installation.
Par contre il est important de noter que chaque version apporte de nombreuses nouveautés qui ne pourrons être utilisées que sur une nouvelle installation.
Par exemple, la possibilité d'extension à chaud (
ext2online) des systèmes de fichiers ext3 n'est possible qu'avec un système créé avec les outils d'installation de FC3 (feature resize_inode).
De même
SELinux (depuis FC2) nécessite des attributs particuliers dans le système de fichiers (feature ext_attr).
Il faut aussi s'attendre à de nombreux problèmes à cause de la migration dev/
udev (ainsi que du noyau 2.4 -> 2.6).
Mais si tu es vraiement joueur, tu peux suivre ce lien :
http://www.brandonhutchinson.com/Upgrading_Red_Hat_Linux_with_yum.html et nous faire partager ton expérience.
A+