Je pense qu'il faut déjà que tu répères ta partition avec
fdisk -l
Ensuite tu fais
mkfs -t ext3 (ou autre) /dev/ta_partition
J'espère ne pas dire d'anerie, je n'ai fais ça qu'à quelques reprises pour ma clé USB.
EDIT : Je n'ai pas de partition Windows, mais normalement ça devrait fonctionner. La seule question que je me pose c'est "Est-ce qu'un Windows est vu de la même manière qu'un Linux ?". Je m'explique : un Linux est vu comme :
Disque /dev/sdb: 20.0 Go
Décliné en :
/dev/sdb1 1 12 96358+ 83 Linux
/dev/sdb2 13 1106 8787555 83 Linux
/dev/sdb3 1229 2434 9687195 83 Linux
Dans ce cas, il faudra que tu supprimes toutes les partitions, pour n'obtenir qu'un /dev/sdb1, et tout formater.