Bonsoir,
après un rapide coup d'œil aux sources, le souci viendrait en fait du script ./configure. Celui-ci n'est pas un script généré par les Autotools, contrairement à ce que suppose la macro %configure.
Ce script sert simplement ici à détecter (ou à définir par passage de paramètre) le compilateur Fortran à utiliser (ici gfortran), puis à générer (de façon horrible !!!) un Makefile appelant le compilateur Fortran détecté/défini. Ceci en lisant et copiant ligne par ligne un patron de Makefile (fichier Makefile.default) pour au final n'en modifier qu'une, celle définissant le compilateur (sic).
Je te suggère ainsi les corrections suivantes :
1) dans ta section %build, vire l'appel au script configure. Ce que j'ai dit plus haut suffit comme justification ^^.
2) Puisque que l'on se passe du configure, on ne génère plus de Makefile. On utilisera donc le patron Makefile.default comme fichier Makefile. Pour pouvoir compiler ce programme avec les flags de compilation par défaut du projet Fedora, il faut fixer la valeur de la variable SERIALFLAGS, utilisée dans le Makefile, aux options de compilation du projet : invoque donc make ainsi dans ta section %build :
make %{?_smp_mflags} -f Makefile.default FORTRAN=gfortran SERIALFLAGS="$RPM_OPT_FLAGS -ffast-math"
(les flags utilisés par défaut dans ce Makefile sont « -O3 -ffast-math », j'ai désactivé l'optimisation à 3 car le projet la fixe à 2, mais j'ai laissé « -ffast-math »).
Au passage, je note qu'il y a un support OpenMP de ce programme... un tel support t'intéresserait-il ? Auquel cas, il va falloir modifier les options de compilation...
3) Quant à l'installation, le Makefile ne la gère pas. À vue de nez, un exécutable, packmol, est généré. Et il n'y a pas d'autre fichier utile à installer (pas de page de doc. entre autres). Tu pourras donc gérer l'installation manuellement ainsi :
%install
rm -rf %{buildroot}
mkdir -p %{buildroot}%{_bindir}
install -m 755 packmol %{buildroot}%{_bindir}
Au passage, ajoute en BuildRequires le paquetage gcc-gfortran. Je te suggère également d'ajouter au paquetage un fichier de licence, les sources ne fournissant rien de tel. Et n'oublie pas avant tout de définir une section %files pour décrire les fichiers à installer 😉.