tu peux le faire avec iproute2.
Mais il faut mettre un motif de reconnaissance sur le protocole (port) c'est à dire le marquer en entrée avec iptables et sa table mangle,
Ensuite il faut dire à iproute d'utiliser une file d'attente différente, en fonction de ce marquage, avec plus ou moins de priorité (weight).
Celà sort largement du sujet du forum car celà demande des notions de QOS avancées et iproute n'est pas d'une utilisation triviale.
Je te conseille d'aller voir cette documentation:
http://www.linux-france.org/prj/inetdoc/guides/lartc/
Et de demander aux spécialistes d'iproute pour t'aider.
Cordialement.