C'est plutot délicat d'upgrader mais les RedHat supportent assez bien cette opération même si il y a toujours un risque. J'te conseille d'upgrader vers un FC2 et pas d'essayer directement une Fedora 3 qui n'en est encore qu'en phase de developement , donc à éviter pour un serveur et de plus , statistiquement , ça a plus de chance de foirer.
J'ne vois pas l'interet d'upgrader pour un serveur si tu es content de ta fedora, le projet fedora legacy assure encore son support et les maj de sécurité pour la FC1 , RH 7.3 et la RH 9, puis le noyau 2.4 de la FC1 est plus mature que le 2.6 de la FC2 donc à préferer pour de la prod.
http://fedoralegacy.org/
sinon pour l'upgrade , ben le plus simple , c de redemarrer avec le cd d'install de la FC2 et de choisir l'option upgrade.