Merci Temet, je vais regarder du côté de la conf. de GDM alors 🙂
Pour l'ordre des fenêtres, je sais pourquoi ça ne marchait plus: C'est à cause de la transparence que j'ai voulu activer.
En gros, si on rajoute
Section "Extensions"
Option "Composite" "Enable"
Option "RENDER" "Enable"
EndSection
dans xorg.conf, l'ordre des fenêtres foire... Bizarre...