Le fichier /etc/passwd gère l'identification est associé un UID à ton utilisateur
Exemple : bob -> 500
Mais sur le disque c'est l'UID qui est enregistré (pas le nom)
Donc si tu change d'UID d'un utilisateur, il faut aussi changer enregistrée celle du disque.
Le plus simple pour faire cela est d'utiliser la commande
usermod, par ex :
usermod -u 1000 bob
Cette commande modifie le fichier /etc/passwd et aussi son home.
Si tu veux changer l'UID d'un dossier par la suite, tu peux utiliser
chown (change owner et pas chmod)
chmod -R bob /home/bob
Pour les problèmes de gnome, le mieux est de rendre à l'utilisateur son dossier depuis une console texte, connecté root.
J'espère t'avoir (un peu) aidé.
A+
P.S. : ne jamais modifier les fichiers /etc/passwd et shadow à la main.