Pour Cairo-Dock, moi je le lance avec la commande
$ cairo-dock -o -i
* -o pour activer l'OpenGL
* -i pour activer l'Indirect Redering (fonctionne nettement mieux chez moi)
Si tu enlèves les fichiers de cairo-dock dans ton répertoire utilisateur, tu n'enlèves que la configuration.
Cairo-Dock redémarrera avec les paramètres par défaut ou te demanderas de la reconfigurer.
Ce que tu peux faire, c'est enlever le lancement de Cairo-Dock au démarrage de KDE.
Mais sous KDE, je sais pas comment faire.
Ou alors plus radical, tu supprimes Cairo-Dock avec yum, mais ça n'enlève généralement pas les fichiers utilisateurs.
Tu peux enlever un programme, même s'il fonctionne, tu auras juste à redémarrer ta session après pour ne pas être embêté !