Ton problème est que au démarrage, compiz utilise le backend "gconf" (=manière de configurer les applis ds gnome), alors qu'une fois relancé, il utilise le backend "ccp" (=fichier de config) : tu peux le voir avec les sorties de tes "ps -ef".
Ces 2 backends sont indépendants => tu peux avoir 2 jeux de configuration différents pour les 2, ce qui semble être ton cas.
Pour le corriger : peux-être ce paramètre est-il dans le fichier .config/compiz/compizconfig/Default.ini (un "gconf" à remplacer par "ccp") (à vérifier : je n'utilise plus compiz depuis kde4)
Sinon : je parle de ces "problèmes" de backend là :
Fedora et Compiz fusion (pour F9, mais je suppose toujours valable)
et de
comment lancer Compiz au démarrage de Gnome (<= avec le backend ccp, comme pour toi).