C'est assez décevant qu'un logiciel en profite pour fouiller les historiques
Jusqu'à plus ample informé, skype ne tourne pas en suid. Il peut donc avoir accès au home et au /tmp et rien d'autre. Celà dit comme personne n'a eu accès aux sources de skype, affirmer qu'il va fouiller relève de la supposition.
On peut très bien si on est parano, créer un user "personne" sur le compte duquel on ne se loggera jamais qui n'aura donc rien dans son home, et faire un su - personne pour lancer skype ensuite.