Vouloir protéger ses données ce n'est pas de la parano et appliquer les règles minimales de sécurité est une bonne habitude à prendre. Voici un lien intéressant sur la sécurité sous linux, accessible aux débutants mais en anglais :
Hardening the Linux desktop.
Je suis d'accord avec pmarion sur le fait que chiffrer tes données ne les protégerait pas d'une intrusion par le réseau. Même un répertoire utilisateur chiffré doit bien être "ouvert" pour démarrer ta session, et n'importe quel processus tournant avec les droits de ton utilisateur (ou pire avec les droits root !) peut accéder aux données qu'il contient (en gros). Le chiffrement te serait utile, par contre, si tu te faisais voler ton PC (dans le cas d'un portable, le risque est suffisamment important).
Pour ce qui est de la sécurité de ton réseau, tout dépend si ton PC sert de serveur ou s'il n'est qu'un simple client. Dans ce dernier cas, les risques de voir ses données compromises dont assez limitées sous linux (et même avec un windows correctement configuré). Les paramètres par défaut de fedora sont suffisants pour la majorité des utilisateurs. Si ce sont les trojans (et autres malwares) qui te préoccupent, je ne peux que te conseiller d'installer rkhunter et chkrootkit, deux programmes dispo dans fedora qui permettent de détecter la plupart des rootkits sous linux. Je crois que clamav peut aussi reconnaître certains rootkits et virus (oui oui, j'ai bien écrit : "virus", il y en a peu, mais il y en a pour linux).
Maintenant, je pense que le meilleur conseil à te donner est... de faire des copies de sauvegarde de tes données ! Je ne plaisante pas : il y a bien plus de cas d'utilisateur qui perdent des données auxquelles ils attachent de l'importance que de cas de "vol" de données sur un poste client depuis un réseau. Bien sûr, tu peux faire une copie chiffrée sur clé USB (ou n'importe quel autre support).
Sinon, pour ce qui est de chiffrer sa partition après coup, je pense que c'est possible (et pas sorcier) avec un peu de ligne de commandes, mais je ne l'ai jamais fait.
