Le problème vient du fait que Linux a sa gestion des utilisateurs et que Vista a la sienne .
Il faut donc trouver un compromis.
Voir ici
Ce n'est pas toujours une bonne idée de formater une clé USB en NTFS, car s'il n'y a pas un «controle total pour tout le monde» (ou quelque chsoe d'approchant) il ne sera pas possible de l'utiliser sur un autre Vista/XP, ...
Chaque utilisateur d'un window$ récent a une UID unique et donc le même nom utilisateur sur une autre machine ne sera pas vu comme le même utilisateur.
On le voit bien si l'on efface un utilisateur et qu'on le re-crée, il n'aura pas forcément accès à ses anciennes données.