Il y a cette page de man pour xeyes pour changer les couleurs ou avoir les effets de transparence.
http://www.xfree86.org/4.4.0/xeyes.1.html
Mais si tu as les bordures de fenêtre avec une barre des titres (avec les boutons fermer, agrandir, réduire), là je ne sais plus. Sous Xfree86, il n'y avait pas de bordure de fenêtre ; et s'il y en avait ça se configurait dans un fichier particulier. Sous X.org, je passe la main. 🙂