L'instruction "compiz --replace" va bien lancer compiz mais (normalement) ne fait rien d'autre ! Càd : ne lance pas de décorateur de fenêtres. Dans un sens c'est normal puisque tu peux le choisir indépendamment : tu as le choix entre emerald, le décorateur de fenêtres de gnome (gtk-window-decorator) ou de kde, etc.
Donc ce qu'il faut faire :
compiz --replace --ignore-desktop-hints ccp &
gtk-window-decorator --replace & - OU - emerald --replace &
Tu peux aussi utiliser fusion-icon qui lance tout pour toi (compiz+décorateur).
Plus d'infos :
Fedora et Compiz Fusion