Mais c'est normal, à chaque changement de kernel tu dois relancer la commande qui est indiquée lors du démarrage de vboxdrv. (Voir aussi la documentation VirtualBox en PDF).
/etc/init.d/vboxdrv setup
pour éviter cela tu peux modifier le script /etc/init.d/vboxdrv (sans garantie dans le futur, mais depuis que j'ai fait cette modification cela marche)
Voir ce lien
Mais ce n'est pas non très compliqué de faire la manipulation manuellement.