D'après ta demande, il semble que tu voudrais pouvoir appréhender la mécanique interne de ton système. Il y a beaucoup de choses qui ne sont pas forcément visibles pour l'utilisateur et il n'existe pas d'outils à proprement parler pour les visualiser.
Tu parles de commandes lorsque l'on lance un programme, que celui-ci s'exécute, qu'il se connecte à des serveurs, qu'il ouvre des fichiers ou qu'ils en supprime. Ce ne sont pas des commandes mais des fonctions implémentées dans le code source du programme.
SI j'ai bien compris ta demande, le mieux pour appréhender le fonctionnement de ton système, c'est de te mettre à la programmation en C:
http://c.developpez.com/cours/
Puis à la programmation en C sous linux voici quelques pistes:
Le système de gestion de fichier et ses appels système
Les processus et leurs appels système. (fork, exec, pipe, dup2).
La programmation réseau.
Voici un site intéressant sur le fonctionnement d'un os dans ses détaille:
http://sos.enix.org/fr/PagePrincipale
