Bonne question et il a été développé un patch à cet effet pour Gnome 2.1x, patch à appliquer pendant la reconstruction du rpm de metacity à partir de son srpm. Mais c'est à tes risques et périls compte tenu de son ancienneté.
http://chad.glendenin.com/metacity/patch.html#Building%20a%20custom%20RPM
C'est un patch qui ajoute certaines options relatives à la position des fenêtres dans gconf-editor.
L'autre solution serait en effet d'avoir un Window Manager composite ou utiliser XFCE?