Salut.

Ben il suffit d'éditer ta session avec l'éditeur de sessions de GNOME (quelque part dans système->préférences).
Ensuite si ton appli possède un mode minimisé, alors il faut que tu trouves le paramètre de ligne de commande qui va bien. pour ça essaye d'ouvrir un terminal et de lancer :

tonappli --help

ou bien

man tonappli

ou encore

info tonappli

tu regardes la sortie et tu essayes de trouver le paramètre à mettre dans la ligne de commade au lancement de ta session.

si tu es sous KDE je sais qu'il y a un dossier nommé autostart quelque part dans ton dossier perso. il suffit d'y créer un fichier .desktop ou un lien symbolique vers le programme à lancer. dans ton cas un fichier .desktop serait plus approprié. dans ce fichier .desktop doit se trouver la ligne de commande à lancer, et tu dois pouvoir spécifier avec une option que le programme doit être lancé minimisé.

sinon j'ai trouvé ça : pour rhythmbox il faut mettre "rhythmbox -run --minimized" par exemple

Mais non globilux, kstart est un composant de kdebase (il existe aussi un composant de kerberos, mais c'est autre chose)

rpm -qf /usr/bin/kstart
kdebase-runtime-4.0.3-10.fc9.i386

[root@patmar ~]# kstart --help
Usage: kstart [Qt-options] [KDE-options] [options] command 

Utility to launch applications with special window properties 
such as iconified, maximized, a certain virtual desktop, a special decoration
and so on.

Generic options:
  --help                    Show help about options
  --help-qt                 Show Qt specific options
  --help-kde                Show KDE specific options
  --help-all                Show all options
  --author                  Show author information
  -v, --version             Show version information
  --license                 Show license information
  --                        End of options

Arguments:
  command                   Command to execute

Options:
  --window <regexp>         A regular expression matching the window title
  --windowclass <class>     A string matching the window class (WM_CLASS property)
                            The window class can be found out by running
                            'xprop | grep WM_CLASS' and clicking on a window
                            (use either both parts separated by a space or only the right part).
                            NOTE: If you specify neither window title nor window class,
                            then the very first window to appear will be taken;
                            omitting both options is NOT recommended.
  --desktop <number>        Desktop on which to make the window appear
  --currentdesktop          Make the window appear on the desktop that was active
                            when starting the application
  --alldesktops             Make the window appear on all desktops
  --iconify                 Iconify the window
  --maximize                Maximize the window
  --maximize-vertically     Maximize the window vertically
  --maximize-horizontally   Maximize the window horizontally
  --fullscreen              Show window fullscreen
  --type <type>             The window type: Normal, Desktop, Dock, Toolbar, 
                            Menu, Dialog, TopMenu or Override
  --activate                Jump to the window even if it is started on a 
                            different virtual desktop
  --ontop, --keepabove      Try to keep the window above other windows
  --onbottom, --keepbelow   Try to keep the window below other windows
  --skiptaskbar             The window does not get an entry in the taskbar
  --skippager               The window does not get an entry on the pager
  --tosystray               The window is sent to the system tray in Kicker

Essaie le au moins, avant de chercher ailleurs.
Pour moi l'essayer c'est l'adopter