Oui de toute manière si ton home vient d'une ubuntu ou d'une debian, tu auras des problèmes de droits dessus.
Fedora et ubuntu n'utilisant pas la même plage pour les utilisateurs chez nous ça commence à 500.
Tu trouveras ici quelques conseils
http://forums.fedora-fr.org/viewtopic.php?id=30840&words=500
Perso. je te conseille de faire une sauvegarde de tes documents (ne pas prendre les dossiers de configuration de gnome par contre mais ne pas oublier tes bookmarks, mails et autres pour faire un import) que tu as sur ton home à part, et de faire une installation propre de fedora puis de recopier tes dossiers dedans.