(Je me réponds à moi-même, ça peut toujours servir à d'autres)
Le problème posé vient de la mauvaise gestion du TCP pour certains routeurs, et la combinaison de ce problème avec "l'extra-sensibilité" de certains serveurs donne les problèmes que nous connaissons actuellement.
(Plus de détails ici:
http://lwn.net/Articles/91976/ )
Côté pratique, voici les deux manières d'implémenter la solution:
soit ajouter la ligne net.ipv4.tcp_default_win_scale = 0 au fichier /etc/sysctl.conf
soit faire en sorte que la commande
echo 0 > /proc/sys/net/ipv4/tcp_default_win_scale
soit exécutée au démarrage
Je viens de tester avec un kernel 2.6.8, et tout (re)fonctionne.