Tu peux jeter un coup d'oeuil à rdiff-backup
http://www.nongnu.org/rdiff-backup/ , c'est ce que j'utilise chez moi. Cela te permet de faire des backups de façon incrémentale, cerise sur le gâteau tu peux restaurer un fichier tel qu'il était il y a x jours par exemple.
C'est vraiment très puissant, et tu ne re-sauvegarde pas tout à chaque fois (ca marche même pour les binaires !!!)