Je ne connais pas la raison pour MySQL mais pour php, c'est très simple:
Si php5 apporte pas mal de changements, pas mal de softs comme phpBB ne le supporte pas completement, la plupart des devs ne sont pas passé à php5 donc le passage à php5 ne se justifie pas pour un serveur de production.
De plus, fedora fournit la derniere version stable de php4: php 4.3.10 et il est tout à fait possible de faire tourner les 2 versions de php en meme temps, il suffit de bien configurer Apache voici un peu de doc:
http://www.icitrus.net/art:1Apache2PHP-20041106
