Nautilus ne propose pas cette fonction (y compris avec les extensions destinées à améliorer la recherche de fichiers). La recherche travaille exclusivement sur les noms de fichiers (*).
Un utilitaire de l'environnement Kde,
Kfilereplace (
http://kfilereplace.sourceforge.net/ ) sait faire un remplacement de chaînes de caractères dans un lot de fichiers. Cet utilitaire est livré sous F8 dans le rpm
kdewebdev. Il s'installe sous 'Accessoires'.
(*)A noter que Thunar (gestionnaire de fichiers de l'environnement Xfce) offre des possibilités évoluées de recherche (expressions régulières) sur les noms de fichiers ainsi que des fonctions de renommage par lots. Un fil avait traité des possibilités de Thunar:
http://forums.fedora-fr.org/viewtopic.php?id=20804&words=thunar