Pour Windows, il n'y a pas de raison que ça foire... La preuve, t'as déjà réussi à installer les deux systèmes.
En ce qui concerne le partitionnement, tu sauvegardes les données importantes sur ton home. Ensuite, tu ré attribues les partoches de la même manière qu'avant et tu ré installe. Quel est ton partitionnement actuel?
$ su -
# fdisk -l
puis
# mount