Sur le site de freedesktop, on peut lire :
Note: To disable a directory, point it to the homedir. If you delete it it will be recreated on the next login.
Donc au lieu de supprimer la ligne, pointe-le dossier vers ton /home.
Pour mettre à jour les dossiers automatiquement, il y a les commandes xdg-user-dirs-gtk-update et xdg-user-dirs-update . Pour supprimer les signets je cherche.
Pour les signets, ils se mettent à jour tout seuls au démarrage de la session via la commande ci-dessus xdg-user-dirs-gtk-update, il faut donc la désactiver au démarrage dans Système>Préférences>Personnel>Sessions . Le mieux serait d'améliorer le programme pour personnaliser l'affichage de ces trucs :-?