El clasico !
Eclipse est censé générer automatiquement un Makefile (très basique) si tu crées un projet de type "Managed", sinon, il faudra l'écrire à la main.
Tout est expliqué dans la documentation:
http://help.eclipse.org/help33/index.jsp?topic=/org.eclipse.cdt.doc.user/concepts/cdt_c_build_over.htm
