Et si.
composite -gravity center tampon.png feuille.pdf feuilletamponnée.pdf
Là le tampon sera au centre de la page.
Pour changer ça, remplace "-gravity center" par "-geometry untruc".
Bref, dirigez vous sur le site d'imagemagick.
PS : il m'a même gardé les zones de transparence de mon tampon.png, c'est très efficace.