Fedora-Fr

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mise à jour de R-program

pascald

Bonjour,

j'ai installé R-program à partir du site CRAN

mon fichier cran.repo contient :
[CRAN]
name=CRAN repository
baseurl=http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/redhat/fedora7/i386/
enabled=1

Il y a une mise à jour disponible et voici le détail du message d'erreur auquel j'ai droit quand j'essaie de faire cette mise à jour.
file /usr/bin/R from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7
file /usr/share/info/R-FAQ.info.gz from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7
file /usr/share/info/R-admin.info.gz from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7
file /usr/share/info/R-data.info.gz from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7
file /usr/share/info/R-exts.info-1.gz from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7
file /usr/share/info/R-exts.info-2.gz from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7
file /usr/share/info/R-exts.info.gz from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7
file /usr/share/info/R-intro.info.gz from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7
file /usr/share/info/R-ints.info.gz from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7
file /usr/share/info/R-lang.info.gz from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7
file /usr/share/man/man1/R.1.gz from install of R-2.6.0-2.fc7 conflicts with file from package R-2.5.1-2.fc7

Quelqu'un utilisant fedora 7 et utilisant R pourrait -il(elle) m'éclairer ?
Sinon qu'est ce que celà évoque aux autres ?
Merci

Pikachu_2014

Bonjour,

as-tu vraiment besoin d'un dépôt spécifique pour R ? Quoique Fedora n'en fournisse pas la dernière version, il faudrait que tu ais des raisons légitimes de vouloir à tout prix une autre version.
Cependant, si tu tiens à garder ce dépôt, cette rustine :

# yum update --exclude=R

Bigorre65

Salut,
Tu peux aussi essayer de désinstaller R puis de le réinstaller.
yum remove R
yum install R

@+

pascald

Non, je n'ai pas besoin d'un dépôt spécifique pour R. Mais je n'avais pas trouvé R dans les dépôts fedora. Vous allez me dire que j'avais mal cherché. J'ai pris ce dépôt car vu son adresse et les utilisateurs cibles de R, je pense que c'est un site sérieux. mais peut être ai je tort ?

pingoomax

Oui, il est surement sérieux.
Le soucis c'est que ces paquets existent deja dans les dépôts officiels, d'où le conflit.

A moins que tu aies absoluement besoin de la version proposée par le dépot CRAN, il est vraiment plus simple d'utiliser les dépots officiels.

Bigorre65

Oui mais c'est un sacré saut de version. Le conflit vient juste des docs.
Si tu veux faire la mise à jour du CRAN désinstalle l'ancienne et réinstalle la nouvelle.

Quant à savoir si c'est un dépôt sérieux, c'est le site officiel de R. Pour les nouveautés, elles sont là

pascalp

Pingou en a tout plein de rpm pour R compiles pour fedora.

http://www.pingoured.fr/public/RPM/

Je sais pas si il a un depot par contre. Ce serait bien qu'il se pointe ici 🙂

pingou

Bonsoir à tous

Alors la réponse à ta question est la suivante

 yum update R --enablerepo=updates-testing

La version 2.6.0 de R est sorti il n'y a pas longtemps et le rpm est encore en testing le temps que les autres rpm soit recompilé pour R.

Pour le CRAN, oui c'est un dépôt fiable les sources sont en général pas mauvaises, par contre c'est un dépôt collectif, donc la qualité est variable...

Personnellement je préfère bioconductor.org pour les bibliothèques de bioinformatique.

Ensuite il faut se méfier un peu lors de l'installation de bibliothèque car beaucoup de bibliothèque sont installées dans /usr/lib/ alors qu'elles devraient être dans /usr/share (car elles ne comprennent pas de code source (que des fonctions R en fait)).
Les RPM permettent de résoudre cette question...

Pour répondre à pascalp, oui j'ai un dépôt cependant comme tous mes rpms devraient (qui sait... un jour) être intégré au dépôts officiels de Fedora (puisque les licences sont compatibles) il est restreint à un nombre limité d'utilisateurs...

Pascald si tu es intéressé par les rpm que j'ai fais et que tu es aussi intéressé par testé le dépôt tu peux me contacter par mp.

PS cool je suis pas tout seul à faire du R :-p

pascald

Comme suggéré en privé par pingou je continue la partie dépôts officiels ici en copiant collant la remarque que je lui faisais à ce propos :

Si j'ai utilisé le dépôt du cran c'est parce que je n'avais rien trouvé dans les dépôts fedora que j'ai activé sur mon ordi. Le problème (ou plutôt mon probléme) c'est qu'il devrait y avoir un moyen de connaitre ce qui existe dans les dépôts même ceux que l'on n'a pas activé.
Pour info voilà ce que j'ai activé :
CRAN CRAN repository enabled
fedora Fedora 7 - x86_64 enabled
fedora-debuginfo Fedora 7 - x86_64 - Debug enabled
livna Livna for Fedora Core 7 - x86_64 - Base enabled
livna-debuginfo Livna for Fedora Core 7 - x86_64 - Debug enabled
updates Fedora 7 - x86_64 - Updates enabled
updates-debuginfo Fedora 7 - x86_64 - Updates - Debug enabled
Maintenant qu'est ce qu'un dépôt officiel ? ceux qui sont listés dans les pages de documentation du site comme : dépôt livna, dépôt newrpms dépôt rpmforge, etc. auquel cas ne sachant pas ce qu'ils contiennent et n'ayant pas très envie de "browser" leur arborescence (je suis du genre à tomber sur le bon avec le dernier...) j'ai trouvé le cran sur la page du R-project.

Les dépôts kwizart, remi etc. tombent ils également dans cette catégorie ? Sur le site du CRAN il y avait un rpm pour fedora 7. J'en ai profité.
L'avis exprimé ci-dessus n'engage que moi, mais n'y aurait-il pas moyen de faire une liste (db ?) des paquetages disponibles dans ces fameux dépôts officiels ainsi que leur nom. Peut être y en a t il parmi vous qui connaissent, à force d'y "browser", le contenu de ces dépôts, mais ça demande un temps qui me semble sans fin pour quelqu'un comme moi qui a des besoins ponctuels.
A+.