Bon j'ai fini par trouver, il y a avait un montage smbfs foireux. J'ai refait le montage, et maintenant yum m'indique qu'il ne peux pas y accéder, mais cela fonctionne quand même (et mon pc n'a pas été redémarré ouf !) :
Running Transaction Test
error: failed to stat /mnt/private: Permission denied
...
En tous les cas, j'arrive pas à comprendre pourquoi yum ou rpm vont mettre leur nez la dedans.