On va faire mieux que ça :
# rm /etc/yum.repos.d/*~
Ceci dit, une mise à jour FC4 ? FC6 (du moins un si grand « saut » de version) n'est guère recommandée. De là en déduire que c'est de là que viennent tes problèmes avec yum, il n'y a qu'un pas.
Peut-être pourrais-tu envisager d'écraser ta FC6 par une Fedora 7 propre.
