Bonsoir,
ce bogue existait déjà sous FC6. La seule solution est de désactiver les effets (que l'on utilise Beryl ou Compiz).
Néanmoins un camarade m'avait filé ce lien, qui se proposerait de lancer ses applications Java sans désactiver Beryl/Compiz au préalable :
http://artisan.karma-lab.net/node/1124
Le lien est juste donné à titre informatif. J'ai survolé, je n'ai pas testé, je décline toute responsabilité en cas de problème...
ÉDIT : grillé par Ultima Avatar, qui se répond... Mais mon lien est en französich 😉