Finalement, j'ai "réparé" Java et "tout cassé" Eclipse.
Pour faire court, "java -version" et "javac -version" donnent bien jdk 1.6.0_1, donc l'installation de la jdk de Sun par les rpm à réussi.
En revanche, Eclipse refusant de se lancer à cause de plugins et autres résidus de l'installation précédente, j'ai viré tout ce qui avait trait à Eclipse (du /usr/<partout où y'a Eclipse> aux /home/$$$/.eclipse). J'ai réinstallé Eclipse et là, crash au démarrage avec le message suivant :
JVM terminated. Exit code=1
/usr/bin/java
-Xms40m
-Xmx256m
-Dosgi.sharedConfiguration.area=/usr/lib/eclipse/configuration
-jar startup.jar
-os linux
-ws gtk
-arch x86
-launcher /usr/bin/eclipse
-name Eclipse
-showsplash 600
-exitdata 240026
-vm /usr/bin/java
-vmargs
-Xms40m
-Xmx256m
-Dosgi.sharedConfiguration.area=/usr/lib/eclipse/configuration
-jar startup.jar
Avec /usr/bin/java -> /etc/alternatives/java -> /usr/lib/jvm/jre-1.6.0-sun/bin/java
Remarque : y'a plein d'options en double mais c'est vraiment le message renvoyé (et pas un bug de copier coller).
C'est grave docteur ?
Edit : Le message renvoyé sur la console est : "Unable to access jarfile startup.jar", fichier jar qui se trouve pourtant dans /usr/share/eclipse/plugins/org.eclipse.platform_3.2.2.r322_v20070117b/startup.jar.