Si tu utilises le JDK de Sun, je te conseille fortement de télécharger Eclipse depuis le site officiel :
http://www.eclipse.org, tu vas dans la section téléchargement et fonction de ton système tu prends :
eclipse-SDK-3.2.2-linux-gtk.tar.gz -> Fedora x86
eclipse-SDK-3.2.2-linux-gtk-x86_64.tar.gz -> Fedora x86_64
Tu décompresses et ça marche (si tu as bien configuré Fedora pour utiliser le JDK)!