Fedora-Fr

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csh

bioinfornatics

bonjour a tous
voilà j'ai besoin d'utilisé ce shell mais je ne le trouve pas quelqu'un peut m'aider s'il vous plaît

Sat

Je ne me rappelle pas si csh est présent sous Fedora, mais tcsh une version améliorée de csh et 100% compatible est disponible.

bioinfornatics

ouai je sais je l'ai mais c'est pour un soft de bioinfo "staden" et sa ne veut pas fonctionner pourtant j'ai le tcsh.
Je l'ai installé sous ubxxxu [bip] et il me faisait le même prob même avec tsch mais cet distrib proposé aussi csh et quand je l'ai mis plus de prob

Refuznik

Attends tu as un problème à l'installation du soft ?
Tu l'as installé en utilisant tcsh avec les bonnes commandes ?

Edit : j'ai lancé gap4 sans problème sans csh et je n'ai même pas eu à utiliser tcsh.
J'ai utilisé la version staden-linux-1-6-0.tar.gz qui est directement exécutable.

Regarde si tu ne doit n'a pas de bibiliothèques manquantes et surtout les compat.

bioinfornatics

ok je vais voir avec la version 1.6 mais j'avias telecherger la version 1.7
j'ai un stash error: tk_utils no shared.... lorsque j'exec trev pregap gap
j'ai vérifié le chemin ils se trouvent bien dans $STADLIB
j'ai bien TK TCL ITCL TCSH IWIDGETS GCC G77 je ne vois pas ce qui manque
j'en ai besoin car g devellopé un scipt permettant de joindre automatiquement la seq SP6 avec la seq T7 correspondante

PS: tu fais de la bioinfo?
sinon j'avais reussi a mettre staden sur F5 et F6 la version 1.7 j'ai du oublier un truc !!!

eddy33

Salut,
n'est-il pas possible de passer en bash tout simplement ?

++

bioinfornatics

trev
stash: error while loading shared libraries: libtk_utils.so: cannot open shared object file: No such file or directory

mon fichier /etc/profile contient:

#staden 
export PATH=$PATH:/usr/local/share/applications/staden-linux-1-7-0/linux-bin 
export STADENROOT=/usr/local/share/applications/staden-linux-1-7-0 
. $STADENROOT/staden.profile

en faisant un echo de STADLIB

$echo $STADLIB
bash: /usr/local/share/applications/staden-linux-1-7-0/lib: is a directory

puis en regardant ce qui ce trouve a l'interieur:

cd $STADLIB
[Jonathan@localhost lib]$ ls
cap2        gap      iwidgets        pregap4       tablelist3.4  trev
cap3        haplo    linux-binaries  spin          tcl
copy_reads  itcl3.3  phrap           spin2_emboss  tk
fak2        itk3.3   prefinish       spin_emboss   tk_utils

le dossier tk_utils se trouve bien là avec a l'interieur tk_utils.so....
donc je comprend pas trop là. C'est sur qu'il doit manquer un truc car sur l'autre distrib j'avais pas se blem.
Désolé de vous embéter avec ça, mais sa ne vient pas du soft mais certainement d'un paquet qui doit me manquer mais je vois pas lequel snif...