sur mon PC aussi, la touche Super ne fonctionne pas toujours mais j'avais trouvé sur le forum de beryl qu'il fallait rajouté l'option XkbLayout.
Mais ca ne marche pas toujours.
Section "InputDevice"
Identifier "Keyboard0"
Driver "kbd"
Option "XkbModel" "pc105"
Option "XkbLayout" "fr"
Option "XkbOptions" "meta_win"
EndSection