Dans le menu raccourci, apparaissent les répertoires qui sont bookmarqués avec nautilus (ils apparaissent aussi dans le selecteur de fichier) .
À ma connaissance c'est la seule chose que l'on peut faire facilement.
Pour éditer le reste, il n'y a pas de solution simple mais une piste tout de même.
http://www.gnome.org/learn/admin-guide/latest/menustructure-2.html
vA falloir sortir un éditeur de texte....