Si il y-a des rpm installés avec des erreurs d'en-tête, c'est déjà la pagaille.
http://forums.fedora-fr.org/viewtopic.php?id=14923&words=rebuilddb
http://forums.fedora-fr.org/viewtopic.php?id=14607&words=rebuilddb
Cela dit, le problème vient peut être d'autre chose.
Poste le résultat des commandes suivant, voir si c'est bon côté architecture du noyau :
1- Vérification des noyaux installés :
rpm -qa --queryformat "%{NAME}-%{VERSION}-%{RELEASE}.%{ARCH}\n" kernel*
2- Vérification du noyau utilisé :
uname -a
3- Vérification des kmod installés :
rpm -qa --queryformat "%{NAME}-%{VERSION}-%{RELEASE}.%{ARCH}\n" kmod*
Donne aussi le résultat de :
yum list geronimo-specs