Nautilus c'est l'explorateur de fichiers de Gnome. Donc si tu le vires (et si tu es sous Gnome), tu pourras plus faire grand chose (a moins que tu le remplaces par un autre).
Sinon, si tu le "kill -9"ise, il risque fort de se relancer tout seul...
La solution :

(Systeme->Preferences->Preferences Supplementaires->Sessions)
La tu peux arreter nautilus (ou un autre). Si tu veux qu'il ne redemarre pas, ce sont aux deux petites fleches qui tournent devant sa ligne qu'il faut s'attaquer en premier.