A priori, en faisant :
$ ghostscript -q -dNOPAUSE -dBATCH -sDEVICE=pdfwrite -sPAPERSIZE=a4 -sOutputFile=resultat.pdf *.pdf
le PDF «résultat.pdf» sera le résultat de la fusion de tous les PDF de ton répertoire courant
triés par ordre alphabétique.
Si tu définis un ordre particulier de fusion, il va falloir donner la liste des fichiers à la commande dans l'ordre souhaité, ou renommer (à la main ou par script interposé) tes fichiers pour que leurs noms suivent l'ordre alphabétique => fastidieux dans les deux cas (!) :-D