2 solutions :
Version système : il suffit de créer le fichier
/etc/php-cli.ini (et oui c'est prévu d'origine).
Version utilisateur : il suffit de lancer avec l'option
--php-ini (-c)
php -c ~/php.ini tonscript.php
Par contre, pour le web, je préfère ne pas modifier les php.ini du système mais ajouter des
php_flag et
php_value dans la configuration d'apache. Voir
DOC. Gros avantage : on peut les régler hôte par hôte.
A+
P.S. au fait c'est documenté dans le man...