Salut,
tu peux éventuellement faire ça en deux étape (faute de mieux) :
- une conversion m4a --> wav avec faad (dans le paquet du même nom) :
$ faad tralala.m4a
- une conversion wav --> ogg avec oggenc (avec d'éventuelles options d'encodage [bitrate... ; cf. man oggenc]) :
$ oggenc tralala.wav
Mais il faut s'attendre de toute façon à une perte de qualité (même problème lorsque l'on souhaite convertir du mp3 en ogg).