À propos de Lilypond : je te l'accorde, ce n'est pas aisé au premier abord, mais les dév. qui ont réalisé le programme sont de vrais typographes dans l'âme, perfectionnistes jusqu'au bout, et moi j'adore ça :
http://lilypond.org/web/about/automated-engraving/software
(on y parle de Finale, jusstement, et ça me glace d'effroi :-D).
Sinon, il y a une GUI, à la Cubase,
rosegarden (yum install rosegarden).
En ce qui concerne les problèmes d'impression : est-ce que Finale n'utiliserait pas de police spéciale pour afficher les clefs (simple supposition ; j'avais des soucis de tronquage avec des polices «fantaisistes» utilisées sous OOo par exemple) ?