Oui depuis les noyaux 2.6 ce n'est plus possible, ils ne tiennent pas sur une disquette.
Par contre tu peux installer le bootloader de grub sur disquette. Pour ca, démarre à partir du cd1 d'install ou du dvd. A l'invite, tape : linux rescue,
puis quand tout a fini de mouliner, tu tapes : chroot /mnt/sysimage
puis avec une disquette dans le lecteur : grub-install /dev/fd0
Je te rappelle aussi que tu n'as pas besoin de faire unn fixmbr pour démarrer windows ou n'importe quel autre os. Tu peux utiliser Smart Boot Manager. Je te renvoie à la page de fedorafaq:
http://faq.fedora-fr.org/