.bash_profile est est lu par Bash uniquement lorsqu'on ouvre un « interactive login shell ».
Je suis pas sur de ce que ca veut dire, mais en tout cas, .bash_profile est lu a l'ouverture de ta session. C'etait en tout cas le cas sous FC5 et sous les mandrake de l'ecole (la derniere fois que je les ai touchees c'etait y a deux ans :-?). Apres, c'etait peut etre pas un comportement souhaite, mais c'est omme ca que ca se passait.
Au passage j'avais deja essaye via l'utilitaire gnome (Systeme->Preferences->Preferences supplementaire->Sessions) et nib, ma commande etait jamais executee a l'ouverture de la session.