A mon avis la meilleure façon de faire est d'utiliser /usr/sbin/alternatives pour pointer sur la bonne version comme expliquer dans ce tutorial
http://doc.fedora-fr.org/Java_Sun_:_Installation_%28plugin%2C_JRE%2C_JDK%29#Mise_en_place_du_JRE:_m.C3.A9thode_par_alternatives
Il existe d'autres façon de faire mais je n'ai pas testé.