Et je suppose que tu voudrais que ton disque soit accessible aussi bien par windows que par fedora.
Dans ce cas je dirais qu'il eut mieux valu n'avoir qu'une seule et unique partition formatée avec un système de fichiers «universel» : le FAT32 est lisible sans manipulation particulière aussi bien par windows (forcément...) et linux.
Le ext3 est acessible en lecture/écriture sous windows (avec les pilotes idoines, cf.
http://winext2fsd.sourceforge.net/), contrairement au FAT il gère les droits utilisateurs et il est journalisé (en gros, si ton système est interrompu violemment, le système va essayer de réparer les conneries générées en lisant un journal tenu au jour le jour).
Mais si c'est un DD externe (USB/FireWire), je conseillerais le FAT32, c'est plus facile pour partager avec les copains qui n'ont pas encore eu la révélation du manchot.