Si tu souhaites déplacer tous tes fichiers dans un unique répertoire (et sous réserve que tes fichiers aient tous un nom différent) :
$ for i in `find <répertoire contenant les fichiers> -type f` ; do mv "$i" <répertoire destination> ; done
(tu peux remplacer la commande de déplacement [font=Courier]mv[/font] par celle de copie [font=Courier]cp[/font]).